サンプル配列
様々な解析を試すための配列の例として、血圧調節に重要な役割を担うアンギオテンシノーゲン遺伝子のDNA配列とアンギオテンシ1型受容体遺伝子のアミノ酸配列を用意しました。以下の配列をコピーし、解析用のボックスに貼り付けて解析ボタンを押してください。
アンギオテンシノーゲン遺伝子のDNA配列 |
0001 gtgcacaggc agcctgggaa cagctccatc cccacccctc
agctataaat agggcatcgt 0061 gacccggccg ggggaagaag ctgccgttgt tctgggtact acagcagaag ggtatgcgga 0121 agcgagcacc ccagtctgag atggctcctg ccggtgtgag cctgagggcc accatcctct 0181 gcctcctggc ctgggctggc ctggctgcag gtgaccgggt gtacatacac cccttccacc 0241 tcgtcatcca caatgagagt acctgtgagc agctggcaaa ggccaatgcc gggaagccca 0301 aagaccccac cttcatacct gctccaattc aggccaagac atcccctgtg gatgaaaagg 0361 ccctacagga ccagctggtg ctagtcgctg caaaacttga caccgaagac aagttgaggg 0421 ccgcaatggt cgggatgctg gccaacttct tgggcttccg tatatatggc atgcacagtg 0481 agctatgggg cgtggtccat ggggccaccg tcctctcccc aacggctgtc tttggcaccc 0541 tggcctctct ctatctggga gccttggacc acacagctga caggctacag gcaatcctgg 0601 gtgttccttg gaaggacaag aactgcacct cccggctgga tgcgcacaag gtcctgtctg 0661 ccctgcaggc tgtacagggc ctgctagtgg cccagggcag ggctgatagc caggcccagc 0721 tgctgctgtc cacggtggtg ggcgtgttca cagccccagg cctgcacctg aagcagccgt 0781 ttgtgcaggg cctggctctc tatacccctg tggtcctccc acgctctctg gacttcacag 0841 aactggatgt tgctgctgag aagattgaca ggttcatgca ggctgtgaca ggatggaaga 0901 ctggctgctc cctgatggga gccagtgtgg acagcaccct ggctttcaac acctacgtcc 0961 acttccaagg gaagatgaag ggcttctccc tgctggccga gccccaggag ttctgggtgg 1021 acaacagcac ctcagtgtct gttcccatgc tctctggcat gggcaccttc cagcactgga 1081 gtgacatcca ggacaacttc tcggtgactc aagtgccctt cactgagagc gcctgcctgc 1141 tgctgatcca gcctcactat gcctctgacc tggacaaggt ggagggtctc actttccagc 1201 aaaactccct caactggatg aagaaactat ctccccggac catccacctg accatgcccc 1261 aactggtgct gcaaggatct tatgacctgc aggacctgct cgcccaggct gagctgcccg 1321 ccattctgca caccgagctg aacctgcaaa aattgagcaa tgaccgcatc agggtggggg 1381 aggtgctgaa cagcattttt tttgagcttg aagcggatga gagagagccc acagagtcta 1441 cccaacagct taacaagcct gaggtcttgg aggtgaccct gaaccgccca ttcctgtttg 1501 ctgtgtatga tcaaagcgcc actgccctgc acttcctggg ccgcgtggcc aacccgctga 1561 gcacagcatg aggccagggc cccagaacac agtgcctggc aaggcctctg cccctggcct 1621 ttgaggcaaa ggccagcagc agataacaac cccggacaaa tcagcgatgt gtcaccccca 1681 gtctcccacc ttttcttcta atgagtcgac tttgagctgg aaagcagccg tttctccttg 1741 gtctaagtgt gctgcatgga gtgagcagta gaagcctgca gcggcacaaa tgcacctccc 1801 agtttgctgg gtttatttta gagaatgggg gtggggaggc aagaaccagt gtttagcgcg 1861 ggactactgt tccaaaaaga attccaaccg accagcttgt ttgtgaaaca aaaaagtgtt 1921 cccttttcaa gttgagaaca aaaattgggt tttaaaatta aagtatacat ttttgcattg 1981 ccttcggttt gtatttagtg tcttgaatgt aagaacatga cctccgtgta gtgtctgtaa 2041 taccttagtt ttttccacag atgcttgtga tttttgaaca atacgtgaaa gatgcaagca 2101 cctgaatttc tgtttgaatg cggaaccata gctggttatt tctcccttgt gttagtaata 2161 aacgtcttgc cacaataagc ctccaaaaaa aa |
アンギオテンシン1型受容体遺伝子のアミノ酸配列 |
001 milnsstedg ikriqddcpk agrhnyifvm iptlysiifv
vgifgnslvv iviyfymklk 061 tvasvfllnl aladlcfllt lplwavytam eyrwpfgnyl ckiasasvsf nlyasvfllt 121 clsidrylai vhpmksrlrr tmlvakvtci iiwllaglas lpaiihrnvf fientnitvc 181 afhyesqnst lpiglgltkn ilgflfpfli iltsytliwk alkkayeiqk nkprnddifk 241 iimaivlfff fswiphqift fldvliqlgi irdcriadiv dtampitici ayfnnclnpl 301 fygflgkkfk ryflqllkyi ppkakshsnl stkmstlsyr psdnvssstk kpapcfeve |
RFLP(制限酵素多型)用のサンプル配列
煙草の発がん性物質の代謝に関わるCUPIA1遺伝子のMspI多型を判別するPCRプライマーとそれによって増幅される配列。
CYPIA1遺伝子のMspI多型を判別する342 bpを増やすPrimer |
|
プライマー1 | AGGAGTCTTGTCTCATGCCTGTAATCCCAG |
プライマー2 | CAGTGAAGAGGTGTAGCCGCTGCACTTAAG |
MspIで切断されないタイプ(342 bp) → CYPIA1の活性が低い |
AGGAGTCTTGTCTCATGCCTGTAATCCCAGcactttgggaggctgaggcaggtggatcac |
MspIで切断されるタイプ(136 + 206 bp) → CYPIA1の活性が高く肺がんリスク高 |
AGGAGTCTTGTCTCATGCCTGTAATCCCAGcactttgggaggctgaggcaggtggatcac ttgagctcaggagtttgagaccagcctgggcaacatggtgaaaccccatctctacaaaaa aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagctgtggtggcgtgtgcctgcggccccaactactcagag gctgaggtgggagaatcgtgtgagcccGggaggtggaggttacagtgaaacaaaatggta ccagtgcactccagcctggatgacctggggaccctgtctcaaaaaatagagtcttgtccc tcaaacagactgCTTAAGTGCAGCGGCTACACCTCTTCACTG |